Program pendidikan di PPTQ Al-Fatah Purbalingga ditempuh dalam waktu 6 tahun :
Mutawasithoh (MTW)
Merupakan Program Tahfidzul Qur’an setingkat SMP/MTs, yang ditempuh selama 3 tahun.
I’dad Muallimil Qur’an (IMQ)
Merupakan Program Kaderisasi Guru Al-Qur’an di tingkat MA, yang ditempuh selama 3 tahun.